Le début de l'intervention de Handicap International en Sierra Leone remonte à 1996. En mars de cette année-là, se tenait une élection présidentielle. Au slogan du principal candidat, « l'avenir du pays est entre vos mains », les rebelles, enivrés ou drogués, ont répondu par l'insoutenable question « manche courte ou manche longue ? », dans le cadre d'une campagne de terreur où les amputations des membres supérieurs devaient empêcher la population de voter.
Handicap International a démarré son intervention à Bo et à Kenema, au centre et à l'est du pays, auprès des populations fuyant les régions diamantifères, où les amputations à la machette avaient été particulièrement nombreuses. Un atelier d'appareillage a été ouvert au sein de l'hôpital de Bo, produisant des prothèses pour les personnes amputées, mais aussi des atèles pour les personnes atteintes de poliomyélite. Un centre de rééducation a été créé pour les personnes amputées et blessées. Rapidement, l'association a accueilli des personnes atteintes de handicaps plus communs : les pieds bots, les infirmités motrices cérébrales, les séquelles de poliomyélite ou d'accidents vasculaires cérébraux...
Depuis 1996, le service de réadaptation physique de Bo, est resté un élément clé du dispositif de Handicap International, du fait de sa position centrale au sein du pays. C'est le seul service de son genre dans la province orientale, qui compte plus d'1,3 million d'habitants. Le nombre de patients a crû régulièrement et en 2004, la capacité de l'atelier d'appareillage et des salles de rééducation était devenue notoirement insuffisante pour accueillir tous les patients. Handicap International a commencé à réfléchir à la construction d'un centre de réadaptation plus grand à l'intérieur de l'hôpital, en essayant de garantir sa pérennité. Un long processus de négociation a été engagé, au cours duquel l'association a impliqué la population dans la conception de l'établissement, prévu sa participation à la construction et la gestion du centre. Des rencontres ont réuni les personnes handicapées, les leaders communautaires, des représentants du gouvernement et le personnel de l'hôpital. Le centre devrait finalement ouvrir ses portes en 2007.
En mai 1997, un coup d'Etat a permis à la junte militaire alliée aux rebelles du RUF de revenir au pouvoir, entraînant l'évacuation des expatriés et l'arrêt des activités durant plusieurs mois. D'autres évacuations ont eu lieu en décembre 1998, avec l'avancée des rebelles vers Freetown, puis encore en mai 2000. La ville de Makeni, au nord du pays, où Handicap International avait ouvert un centre de réadaptation physique en 1997, a été largement détruite par les rebelles fin 1999, rendant impossible la poursuite des activités dans cette zone. Les accords de paix de Lomé, en juin 1999, ont amorcé un retour progressif à la normale et Handicap International a pu renforcer ses actions à Bo, à Kenema1 (fin en 2004), à Freetown. L'association a ouvert en 2003 des projets à l'est du pays, à Koidu et Kailahun.
1) A Kenema, Handicap International a repris la gestion d'un centre orthopédique entre 2000 et 2003, après le départ du Comité International de la Croix-Rouge (CICR).
En avril 1998, l'Organisation mondiale de la santé (OMS) sollicite Handicap International pour qu'elle intervienne auprès des personnes amputées au Connaught Hospital de Freetown, ce qui a marqué le début de sa présence dans la capitale. L'association a également mis en place des unités de soins physiques et psychologiques dans le camp de Waterloo (banlieue est de Freetown), qui accueillait les personnes déplacées, blessées ou amputées.
En décembre, l'avancée progressive des troupes rebelles vers Freetown a obligé les personnes résidant dans les camps et les membres expatriés des ONG à fuir, souvent vers la Guinée Conakry voisine. Le 6 janvier 1999, l'invasion de Freetown par les rebelles a entraîné le massacre et la mutilation de milliers de personnes, dans une atmosphère de terreur et de panique. Malgré la violence extrême et l'insécurité qui régnaient, l'équipe sierra-léonaise de Handicap international a assuré seule la continuité des soins jusqu'au retour des expatriés, au mois d'avril. Elle a également organisé le rapatriement des personnes amputées du camp de Waterloo vers le stade de Freetown, puis vers le site de Murray Town, zone protégée des combats et jouxtant le petit centre d'appareillage du ministère de la Santé. Ainsi est né le tristement célèbre Murray Town Amputee Camp.